Una de las cosas tan sencillas se vuelve un dolor de cabeza, como el alinear objetos.
Illustrator toma como referencia el que está posicionado en el extremo más próximo al lado a alinear.
Por ejemplo en éste caso se alinearán todos al primer cuadro, dirigiéndose a la base:
alinearIllustrator.gif

Obteniendo algo como esto:
alinear2.gif

Que tal si queremos alinear todo al segundo cuadro:
alinear3.gif

Bueno, el secreto es seleccionar todo lo que queremos alinear, dar un click al objeto que servirá como referencia, en éste caso el segundo cuadro. Posteriormente dar click en la opción de alinear. Y listo se alineará dependiendo al objeto que escojamos. Aquí se mueven todos a la base del segundo.
alinear4.gif